物理隔離：
各區域必須采用實墻、密封門進行物理分隔，不能僅用簾子或隔斷。
各區應有獨立的緩沖間（至關重要），人員需通過緩沖間更衣、換鞋后進入。緩沖間的壓力設置應介于其連接的兩個主區之間。
單向氣流與壓差控制（生命線）：
空氣流向必須與工作流程反向。 即空氣從最潔凈的試劑準備區流向污染最重的產物分析區。
壓差梯度必須嚴格維持：
試劑準備區 > 標本制備區 > 擴增區 > 產物分析區。通常相鄰區域間需保持≥5 Pa的壓差，并通過壓差顯示裝置進行監控。
人流、物流、污物流單向流動：
試劑與耗材： 通過帶紫外消毒的互鎖傳遞窗，從試劑準備區向標本制備區單向傳遞。
樣本： 通過專用通道或傳遞窗進入標本制備區。
人流： 人員進入順序固定，通常不逆向流動。進入不同區域需更換相應級別的個人防護裝備（PPE）。
物流：
污物流： 實驗廢棄物、尤其是擴增后的產物，必須密封后通過專用污染通道或出口運出，嚴禁逆向回到清潔區。
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