對于空間有限或檢測項目固定的實驗室，可采用三區合并法，但風險更高，需更嚴格的操作規范。
常見合并方式： 將 “擴增區” 和 “產物分析區” 合并。
要求： 合并后，該區域內仍需劃分獨立的擴增和產物分析空間，并采用嚴格的單向工作流程和及時的清潔消毒。
各分區關鍵設備與環境要求
| 分區 | 關鍵設備 | 環境與安全要求 |
|---|---|---|
| 試劑準備區 | 超凈工作臺/生物安全柜、冰箱、離心機、移液器。 | 正壓，潔凈環境。超凈工作臺用于保護試劑。 |
| 標本制備區 | Ⅱ級A2或B2型生物安全柜、核酸提取儀、離心機、冰箱、振蕩器。 | 負壓，BSL-2防護。 生物安全柜是保護操作人員和環境的核心設備，所有涉及樣本的開蓋操作必須在柜內進行。 |
| 擴增區 | 實時熒光定量PCR儀、基因擴增儀。 | 獨立排風，負壓。儀器應集中擺放，便于管理和通風。 |
| 產物分析區 | 電泳儀、凝膠成像系統、測序儀。 | 最大負壓，獨立直排。 所有操作應在抽風裝置下進行。 |
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