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PCR 實(shí)驗(yàn)（experiment)室依據(jù)所使用的方法可分為試劑準(zhǔn)備、標(biāo)本制備、擴(kuò)增、產(chǎn)物分析(Analyse)等三或四個區(qū)域。只是使用實(shí)時(shí)熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實(shí)驗(yàn)室，有上述前面三個區(qū)域即可。各區(qū)域應(yīng)完全獨(dú)立分隔，不應(yīng)有任何的空氣直通。
2標(biāo)準(zhǔn)的PCR實(shí)驗(yàn)（experiment)室產(chǎn)物分析(Analyse)區(qū)或三個區(qū)域的最后一個區(qū)域（即擴(kuò)增及產(chǎn)物分析(Analyse)區(qū)），空氣流向應(yīng)由室外向室內(nèi)，可通過在室內(nèi)設(shè)置通風(fēng)櫥、排風(fēng)扇或其他排風(fēng)系統(tǒng)達(dá)到空氣流由室外向室內(nèi)流動的要求。
PCR實(shí)驗(yàn)（experiment)室根據(jù)使用儀器（appliance）的功能合理設(shè)置各個工作區(qū)域，如采用聚合酶(Enzyme)聯(lián)反應(yīng)：則設(shè)置試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析(Analyse)區(qū)四個單獨(dú)的工作區(qū)域，這是最常用的分區(qū)方式。潔凈實(shí)驗(yàn)室無菌試驗(yàn)室、生物安全實(shí)驗(yàn)室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運(yùn)行，同時(shí)還為需要實(shí)驗(yàn)室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環(huán)境。樣品需要粉碎處理的，還需增設(shè)樣品粉碎區(qū)；若使用實(shí)時(shí)熒光PCR法：基因擴(kuò)增區(qū)、基因產(chǎn)物分析區(qū)可以合并在一個房間內(nèi)；采用標(biāo)本處理、核酸提取及擴(kuò)增檢測為一體的全自動化PCR分析儀，則標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可合并為一個區(qū)域，因此PCR實(shí)驗(yàn)室原則上設(shè)置五個區(qū)或四個區(qū)或三個區(qū)或二個單獨(dú)的工作區(qū)。
核酸擴(kuò)增前區(qū)和核酸擴(kuò)增后區(qū)可設(shè)在一個房間內(nèi)，但必須在滿足下列要求的前提下：
a.核酸擴(kuò)增前區(qū)實(shí)驗(yàn)（experiment)室內(nèi)設(shè)置兩個不同位置（position )的實(shí)驗(yàn)區(qū)，試劑配置(deploy)在超凈工作臺中操作，樣品處理在生物安全柜內(nèi)操作。
b.在核酸擴(kuò)增后區(qū)使用全封閉的擴(kuò)增和檢測系統(tǒng)，如實(shí)時(shí)熒光PCR儀等。潔凈實(shí)驗(yàn)室無菌試驗(yàn)室、生物安全實(shí)驗(yàn)室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運(yùn)行，同時(shí)還為需要實(shí)驗(yàn)室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環(huán)境。
c.每個實(shí)驗(yàn)（experiment)人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在實(shí)驗(yàn)（experiment)前后對操作區(qū)域和共享器具進(jìn)行清潔及消毒。凈化實(shí)驗(yàn)室必須控制實(shí)驗(yàn)室的潔凈度，對新風(fēng)進(jìn)行過濾，使實(shí)驗(yàn)室達(dá)到一定的凈化要求。其中排風(fēng)系統(tǒng)是重點(diǎn)，對于保證實(shí)驗(yàn)室相對負(fù)壓環(huán)境和有效過濾室內(nèi)污染排風(fēng)起著重要的作用。
e.各區(qū)域的試劑、器具、儀器（appliance）和設(shè)備為該區(qū)專用，不得交叉使用。
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