采用空氣潔凈技術為主要保障條件，使室內空氣中的塵埃和細菌數量符合一定標準的醫院用房即為醫院潔凈用房。
采用空氣阻隔一定粒徑塵粒和細菌微粒的空氣過濾技術，配合具有一定風量或風速的氣流組織和室內壓力梯度控制，使室內微粒的數量維持在一定水平的技術即空氣潔凈技術。
根據以上特點，醫院潔凈室要按潔凈室的規范及各種不同的潔凈用房的特點設計流程及氣流組織。注重人、物流程序、氣流組織形式（避免交叉感染）、溫濕度控制等。潔凈室是一個占地面積較大、能耗也較大的系統。故合理的選用、配置才能達到預期目的。
1、醫院潔凈用房的選擇
目前根據我國醫院的具體情況及相關規范，參照國外經驗，潔凈用房的應用已擴展到醫院的眾多部門。如：潔凈手術部；特殊病房（白血病層流病房、燒傷病房、哮喘病房等）；護理單元（重癥護理單元ICU、CCU、NICU等）；中心供應室（無菌存放區）；配液中心；重要的實驗室（特殊化驗室、生命科學實驗室（如生殖中心等）、動物房、重要的生物安全系統）、精密的新型儀器室、潔凈輔助用房（無菌輔料室、一次性物品室等）。
醫院在新建、改建的設計階段，要充分的研究分析本院的具體情況合理的選擇潔凈用房，由于潔凈用房需配置相應的輔助用房，如男女更衣室、衛浴間、緩沖間、潔凈用品、污物專用通道，潔凈空調機房及冷熱源系統等，需要占用建筑面積，故在設計階段就要通盤考慮留有合理的空間和位置，避免出現后期又要按凈化室布局，造成面積不夠，凈化流程不完善，不能充分的保護核心區潔凈度、壓差的穩定。空調系統布置空間不足，系統不流暢造成能耗損失、噪聲招標等問題。也為今后的維護保養造成了困難，不能充分發揮潔凈室的功能。
2、潔凈用房的空調系統配置
醫院潔凈室空調系統，根據其特點它是一個恒溫恒濕系統（冷熱對抗），為了相應的潔凈度設有多級過慮器，增加了系統的阻力。故它是一個能耗較大的系統。系統節能設計顯得十分重要，要引起高度重視（需增加設施的投入）。
中國綠色醫院建筑評價標準提出了“對于潔凈手術部等凈化空調系統，采用技術措施比一次回風系統減少電再熱功率50%?！钡囊庖?。針對潔凈空調系統根據我們的經驗為了達到節能、環保采取了以下方法。
冷熱源：
1）、對手術室、ICU、層流病房等常年24小時運行的潔凈用房宜單獨配置冷熱源與大樓系統分開。
2）、條件許可的情況下可采用地源熱泵系統。
潔凈空調機組：
1）、選用可靠技術成熟的醫用型潔凈空調機組；低噪、結構防震、斷橋、凝結水結構合理能防止回灌，便于對表冷器、過濾器的清潔。
2）、變頻器、變頻風機配置。
3）、配置可靠的自控系統，可實現自動、手動轉換。
系統設計：
1）、風管系統盡量短捷流暢，減少彎頭、各種過濾器選用低阻型以減少系統阻力。
2）、新風機組采用深度除濕方案、對于自取新風的可采用二次回風系統以減少冷熱對抗，到達節約能源的目的。
3）、排風系統：對于空調機組集中布置的且排風量較大的，可考慮熱回收系統，用排風經熱交換預處理新風等，但要核算并有防止交叉污染的有效措施。對有對環境污染的廢氣要有有效的過濾器過濾，才能排放。對于排風的出口要特別注意，要與新風進風口保持距離。規范規定：新風口應設置在高于地面5M、水平方向距排風口3M以上并在排風口上風側的無污染源干擾的清潔區域。
3、潔凈室的其他設施配置
潔凈室的照明，由于潔凈室是一個相對密閉的空間，對房間的照度要求比較高，為了節約能源，在設計時盡量考慮利用自然光源。
對于照明系統采用智能控制系統，根據需求進行調節。選用高效節能的光源（如LED等）。
對于有條件的地區可利用太陽能光伏發電系統，與公共供電系統交替使用。（國家對此項目有特殊補貼政策。）
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