手術室配有潔凈空調系統，控制空氣中的顆粒物到一定的生物潔凈標準，營造一個沒有灰塵和微生物的潔凈空間，避免感染。
潔凈手術室對潔凈區的快速升降溫和空調制冷有著特殊的要求，手術室因其手術量大，造成空調系統超負荷運行，且維護時間的不確定，因此為保證手術過程中病人的安全，降低手術交叉感染的風險，要對手術的環境進行嚴格的控制。凈化空調系統對潔凈手術室的環境可以進行溫度、濕度的控制，還可以對通風量和壓力進行調節，使整個手術室呈現在受控狀態下。因此潔凈室的空調系統應具備以下特點：
風量大
潔凈室主要是通過空氣量的循環來過濾空氣中的塵埃、細菌等，實現對空氣中非生物粒子和生物粒子的控制。現行規范《醫院潔凈手術部建筑技術規范》（GB50333—2013）對各級手術室的送風量及其他相關參數有明確規定，見下表。
溫度度控制精度高
與普通舒適性空調的僅滿足人員舒適的要求不同，潔凈室手術室溫濕度控制的精度是為了滿足治療的環境要求。為了實現恒溫恒濕，要求空氣處理機組中至少要具備制冷、制熱、加濕、除濕等功能段，而且需要精密控制的方式。
系統風壓高
為達到空氣潔凈的要求，潔凈手術室一般至少要采用粗、中、高三級過濾器過濾，有特殊要求的高級別潔凈室，過濾器的設置會更多，而就這三級過濾器的阻力加起來就有650～800Pa左右，同時為保證維持潔凈室的正負壓調節要求，潔凈采用集中送、回風的方式，所以潔凈室的管道阻力一般比普通空調的要大一倍以上。為克服這些阻力，就要求空氣處理機組的送風機有足夠的壓頭。
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